Dans les pièces à fort taux d'humidité, des moisissures peuvent facilement se former, la surface rugueuse et poreuse des joints étant pour elles un terrain de prédilection. Les conséquences ne sont pas qu'esthétiques, la santé des personnes allergiques ou immunitairement affaiblies peut aussi être en jeu. Pour éliminer la moisissure, des détergents à l'alcool ou à l'alcool de nettoyage (alcool isopropylique) peuvent être employés. La solution alcoolisée est appliquée sur les joints à l'aide d'une brosse ou d'un chiffon, puis s'évapore. Cette méthode ne permet généralement pas d'éliminer les taches visibles car l'alcool ne contient pas d'agents de blanchiment. Pour redonner aux joints leur apparence initiale, le peroxyde d'hydrogène s'avère une recette traditionnelle efficace. Une solution à 3 % est suffisante pour combattre efficacement les moisissures. Pour prolonger la durée d'action, un morceau de papier absorbant imbibé peut être placé sur le joint. Après une demi-heure, la solution doit être rincée avec une quantité suffisante d'eau.
Si la moisissure s'est déjà incrustée dans le joint, la seule solution est de remplacer le matériau. Pour éviter d'en arriver là, il convient d'empêcher activement la formation de moisissures. Une ventilation régulière est ici la principale solution; un système d'évacuation d'air peut pallier l'absence de fenêtres. Il est également conseillé d'essuyer toutes les surfaces mouillées après la douche afin d'éliminer rapidement l'humidité.