Para evitar a propagação de germes de um animal para outro, recomenda-se uma limpeza completa de toda a sala de ordenha e área de ordenha após cada turno de ordenha.
Deve ser utilizada uma máquina de limpeza de alta pressão para limpar a sala de ordenha rotativa, bem como a área de espera e os caminhos de acesso. Paredes e pisos revestidos com azulejos e muitos materiais em aço inoxidável, tanto na tecnologia como no equipamento do celeiro, criam as melhores condições para uma limpeza rápida e completa. Durante a limpeza, deve ser dada especial atenção ao equipamento de ordenha e outras peças do sistema de ordenha que entram em contacto com a sujidade.
Várias vezes por semana, também devem ser aplicados agentes de limpeza adequados com a lança de espuma para quebrar as cadeias de infeção e remover todos os resíduos. Existem diferentes produtos de limpeza para salas de ordenha disponíveis. Os produtos de limpeza alcalinos removem eficazmente resíduos fecais, proteínas, leite e gordura. Os produtos de limpeza ácidos são adequados contra calcário, ferrugem e depósitos de urina.